Если сотрудник покупает у организации-работодателя квартиры по цене ниже рыночной, то у него возникает доход, полученный в натуральной форме. Поэтому с разницы в стоимости нужно заплатить НДФЛ. Такой вывод следует из письма Минфина России от 18.06.18 № 03-04-06/41470.